Les Tortues Ninja sont 4 petites tortues qui deviennent humanoïdes, suite au contact d'une étrange substance chimique: le mutagen. Splinter, un maître en arts martiaux transformé en rat suite à une mutation similaire, va les accueillir dans les égoûts de la ville de New-York et leur enseigner l'art des ninjas. Ils vont ensuite faire la rencontre d'une journaliste nommée April O'Neil, qui va les aider à lutter contre la bande à Shredder.